Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Gratulacje z okazji ukończenia kursu szkoleniowego Nextflow Run!

Twoja podróż

Zacząłeś od bardzo podstawowego workflow i nauczyłeś się go uruchamiać, znajdować wyjścia i zarządzać jego wykonaniem. Następnie pracowałeś przez coraz bardziej złożone wersje tego workflow i nauczyłeś się rozpoznawać podstawowe koncepcje i mechanizmy, które napędzają pipeline Nextflow, w tym channel i operatory, modularyzację kodu i kontenery. Na koniec nauczyłeś się, jak dostosować konfigurację pipeline do swoich preferencji i infrastruktury obliczeniowej.

Czego się nauczyłeś

Jesteś teraz w stanie zarządzać wykonaniem pipeline Hello, opisać, jak jest zbudowany, i zidentyfikować główne elementy kodu.

• Końcowa forma workflow Hello przyjmuje jako dane wejściowe plik CSV zawierający tekstowe powitania.
• Cztery kroki są zaimplementowane jako procesy Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings i cowpy) przechowywane w oddzielnych plikach modułów.
• Wyniki są publikowane do katalogu o nazwie results/.
• Końcowym wyjściem pipeline jest plik tekstowy zawierający grafikę ASCII postaci mówiącej powitania wielkimi literami.

1. sayHello: Zapisuje każde powitanie do własnego pliku wyjściowego (np. "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Konwertuje każde powitanie na wielkie litery (np. "HELLO")
3. collectGreetings: Zbiera wszystkie powitania wielkimi literami do jednego pliku batch
4. cowpy: Generuje grafikę ASCII przy użyciu narzędzia cowpy

Konfiguracja workflow wspiera dostarczanie danych wejściowych i parametrów w elastyczny, odtwarzalny sposób.

Zdobyte umiejętności

Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:

• Uruchamiać workflow Nextflow lokalnie
• Znajdować i interpretować wyjścia (wyniki) i pliki dziennika generowane przez Nextflow
• Rozpoznawać podstawowe komponenty Nextflow, które tworzą prosty wieloetapowy workflow
• Opisywać koncepcje następnego poziomu, takie jak operatory i fabryki channel
• Konfigurować pipeline dla różnych środowisk obliczeniowych

Jesteś teraz wyposażony w podstawową wiedzę, aby zacząć integrować istniejące pipeline Nextflow ze swoją własną pracą.

Następne kroki do rozwijania umiejętności

Oto nasze najważniejsze sugestie, co robić dalej:

• Nie tylko uruchamiaj Nextflow, pisz go! Zostań programistą Nextflow z Hello Nextflow
• Zastosuj Nextflow do naukowego przypadku użycia z Nextflow for Science
• Rozpocznij pracę z nf-core z Hello nf-core
• Poznaj techniki rozwiązywania problemów z Debugging Side Quest

Na koniec zalecamy zapoznanie się z Seqera Platform, platformą chmurową rozwijaną przez twórców Nextflow, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie i zarządzanie workflow, a także zarządzanie danymi i interaktywne uruchamianie analiz w dowolnym środowisku.

Uzyskiwanie pomocy

Zasoby pomocy i wsparcie społeczności znajdziesz na stronie Pomocy.

Ankieta zwrotna

Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać nasze materiały szkoleniowe dla wszystkich.

Wypełnij ankietę