Nextflow Runcourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Nextflow Run to praktyczne wprowadzenie do uruchamiania odtwarzalnych i skalowalnych workflow analizy danych.
Pracując z praktycznymi przykładami i ćwiczeniami z przewodnikiem, poznasz podstawy używania Nextflow, w tym jak wykonywać pipeline, zarządzać plikami i zależnościami oprogramowania, bez wysiłku równoleglić wykonywanie i uruchamiać workflow w różnych środowiskach obliczeniowych.
Zdobędziesz umiejętności i pewność siebie, aby rozpocząć uruchamianie workflow z Nextflow.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Uruchamianie i zarządzanie wykonywaniem workflow Nextflow
- Znajdowanie i interpretowanie wyników oraz plików dziennika
- Rozpoznawanie podstawowych komponentów Nextflow w prostym wieloetapowym workflow
- Konfigurowanie wykonywania pipeline na popularnych platformach obliczeniowych, w tym HPC i chmurze
- Podsumowanie najlepszych praktyk dotyczących odtwarzalności, przenośności i ponownego wykorzystania kodu, które czynią pipeline zgodnymi z zasadami FAIR, w tym modułowość kodu i kontenery oprogramowania
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które są całkowicie nowe w Nextflow i chcą uruchamiać istniejące pipeline.
- Umiejętności: Zakładana jest pewna znajomość wiersza poleceń, podstawowych koncepcji skryptowania i popularnych formatów plików.
- Dziedzina: Wszystkie ćwiczenia są niezależne od domeny, więc nie jest wymagana wcześniejsza wiedza naukowa.
Przegląd kursu¶
Co będziesz robić¶
Ten kurs jest praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cele, zaprojektowanymi tak, aby stopniowo wprowadzać informacje.
Wykonasz kilka wersji pipeline Nextflow, który przetwarza tekstowe dane wejściowe. Zaczniesz od prostej wersji składającej się z jednego kroku, a ostatecznie przejdziesz do wieloetapowej wersji, która pobiera plik CSV z tabelarycznymi danymi tekstowymi, wykonuje kilka kroków transformacji i generuje pojedynczy plik tekstowy zawierający obraz ASCII postaci mówiącej przekształcony tekst.
Ten kurs koncentruje się na uruchamianiu pipeline (nazwany od podstawowego polecenia nextflow run).
Jeśli szukasz wprowadzenia do tworzenia pipeline Nextflow, zobacz Hello Nextflow.
Plan lekcji¶
Podzieliliśmy to na trzy części, z których każda koncentruje się na konkretnych aspektach uruchamiania i zarządzania pipeline napisanymi w Nextflow.
| Rozdział kursu | Podsumowanie | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Podstawowe operacje | Uruchamianie i zarządzanie wykonywaniem prostego workflow | 30 min |
| Część 2: Uruchamianie prawdziwych pipeline | Przetwarzanie złożonych danych wejściowych, uruchamianie wieloetapowych workflow, używanie kontenerów i bezproblemowe równoleglenie wykonywania | 60 min |
| Część 3: Konfiguracja uruchamiania | Dostosowywanie zachowania pipeline i optymalizacja użycia w różnych środowiskach obliczeniowych | 60 min |
Pod koniec tego kursu będziesz dobrze przygotowany do podjęcia kolejnych kroków w swojej podróży ku uruchamianiu odtwarzalnych workflow dla potrzeb obliczeń naukowych.
Gotowy do rozpoczęcia kursu?