Pipeline Hello

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Większość naszych kursów szkoleniowych używa prostego, domenowo-agnostycznego pipeline'u do demonstracji koncepcji i mechanizmów Nextflow. Kurs Hello Nextflow pokazuje, jak rozwijać ten pipeline krok po kroku, wyjaśniając każdą decyzję projektową i implementacyjną. Inne szkolenia używają tego pipeline'u lub jego części jako punktu wyjścia.

Ta strona podsumowuje stan pipeline'u po ukończeniu kursu Hello Nextflow.

Krótki opis

Workflow Hello przyjmuje plik CSV zawierający pozdrowienia, zapisuje je do oddzielnych plików, konwertuje każde na wielkie litery, zbiera je z powrotem razem i generuje pojedynczy plik tekstowy zawierający obrazek ASCII zabawnej postaci wypowiadającej pozdrowienia.

Kroki workflow (procesy)

Cztery kroki są zaimplementowane jako procesy Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings i cowpy) przechowywane w oddzielnych plikach modułów.

1. sayHello: Zapisuje każde pozdrowienie do własnego pliku wyjściowego (np. "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Konwertuje każde pozdrowienie na wielkie litery (np. "HELLO")
3. collectGreetings: Zbiera wszystkie pozdrowienia wielkimi literami do pojedynczego pliku wsadowego
4. cowpy: Generuje grafikę ASCII za pomocą narzędzia cowpy

Diagram

Wyniki

Wyniki są publikowane do katalogu o nazwie results/, a końcowe wyjście pipeline'u (przy uruchomieniu z domyślnymi parametrami) to plik tekstowy zawierający grafikę ASCII indyka wypowiadającego pozdrowienia wielkimi literami.

results/cowpy-COLLECTED-test-batch-output.txt

  _________
/ BONJOUR \
| HELLO   |
\ HOLà    /
---------
  \                                  ,+*^^*+___+++_
  \                           ,*^^^^              )
    \                       _+*                     ^**+_
    \                    +^       _ _++*+_+++_,         )
              _+^^*+_    (     ,+*^ ^          \+_        )
            {       )  (    ,(    ,_+--+--,      ^)      ^\
            { (\@)    } f   ,(  ,+-^ __*_*_  ^^\_   ^\       )
          {:;-/    (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_    )    )      /
          ( /  (    (        ,___    ^*+_+* )   <    <      \
          U _/     )    *--<  ) ^\-----++__)   )    )       )
            (      )  _(^)^^))  )  )\^^^^^))^*+/    /       /
          (      /  (_))_^)) )  )  ))^^^^^))^^^)__/     +^^
        (     ,/    (^))^))  )  ) ))^^^^^^^))^^)       _)
          *+__+*       (_))^)  ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^
          \             \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^)
          (_             ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^)
            ^\___            ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\
                  ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\
                    ___) >____) >___   ^\_\_\_\_\_\_\)
                    ^^^//\\_^^//\\_^       ^(\_\_\_\)
                      ^^^ ^^ ^^^ ^

Możesz napotkać pewne różnice w szczegółach w zależności od kursu, w którym pipeline jest prezentowany.

---