Następne Kroki - Transkrypcja¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Ważne uwagi
Ta strona zawiera tylko transkrypcję. Aby uzyskać pełne instrukcje krok po kroku, wróć do materiałów kursu.
Powitanie¶
Gratulacje, udało się. Ukończyłeś pierwszy kurs szkoleniowy Nextflow, nazwany Hello Nextflow
świetna robota. Dziękujemy za wytrwałość i naprawdę doceniamy czas i wysiłek, który włożyłeś w naukę Nextflow. Mamy nadzieję, że będzie to przydatne w Twojej pracy.
Następne Kroki¶
Jeśli chodzi o kolejne kroki, śledź portal szkoleniowy: training.nextflow.io. Cały czas dodajemy tam nowe materiały szkoleniowe i je odświeżamy. Możesz tam znaleźć bardziej zaawansowane szkolenie lub szkolenie specyficzne dla dziedziny badań, która Cię interesuje.
W szczególności sprawdź stronę Nextflow for Science. Zawiera ona serię krótkich kursów, które są samodzielne i rozszerzają to, czego nauczyłeś się w Hello Nextflow, na konkretne przypadki użycia.
Jest jeden dla Genomiki, a także jeden dla RNA-seq. Mamy nadzieję wkrótce dodać więcej.
Side Quests¶
Jest wiele rzeczy, o których mogliśmy porozmawiać w Hello Nextflow, ale byłoby to zbyt szczegółowe. Część z tych rzeczy umieszczamy w Side Quests, które są krótkimi kursami na konkretne tematy.
Dostępne są również większe kursy fundamentals training i advanced training, które mogą zawierać treści, które uznasz za interesujące.
nf-core¶
Było to wspomniane raz lub dwa razy w tym kursie, ale zdecydowanie sprawdź projekt nf-core. Jest tam ponad sto pipeline'ów dla różnych typów danych, więc całkiem możliwe, że nie będziesz musiał budować własnego pipeline'a.
Jest tam również prawie półtora tysiąca modułów process, gdzie jeśli używasz narzędzi deweloperskich nf-core, możesz stworzyć pipeline i zaimportować te moduły w ciągu kilku sekund.
Seqera Platform¶
Na koniec, krótka wzmianka o Seqera Platform. To bez wątpienia najlepszy sposób na uruchamianie Nextflow w praktyce, jest to platforma oparta na chmurze, ale podłączasz własną infrastrukturę obliczeniową, czy to własne konto w chmurze na AWS, Google Batch czy Azure, czy nawet własny HPC. Warstwa bezpłatna jest dostępna dla wszystkich, a jeśli jesteś pracownikiem naukowym, możesz ubiegać się o nasz program akademicki, aby uzyskać bezpłatny dostęp na poziomie pro.
Seqera Platform wykracza poza zwykły interfejs graficzny do uruchamiania i monitorowania workflow'ów. Dostępne są również dodatkowe narzędzia, takie jak Data Studios do uruchamiania sesji interaktywnych, oraz fundamentalne narzędzia takie jak Fusion, które zapewniają szybszy i tańszy dostęp do danych w chmurze.
Wsparcie i wydarzenia¶
Pamiętaj, jeśli kiedykolwiek napotkasz jakieś problemy, po prostu przejdź do community.seqera.io. Nasze forum jest naprawdę aktywne, społeczność Nextflow jest bardzo silna i prawie zawsze są tam ludzie gotowi pomóc, czy to w sprawie szkolenia, czy czegokolwiek związanego z codziennym korzystaniem z Nextflow.
I oczywiście, świetnym kolejnym krokiem jest dołączenie do jednego z naszych wydarzeń społeczności, czy to hackathonu nf-core, czy jednego z wydarzeń Nextflow Summit. To świetna zabawa i miło byłoby spotkać Cię tam i porozmawiać o tym, do czego używasz Nextflow.
Podziękowania¶
Chciałbym bardzo podziękować wszystkim, którzy byli zaangażowani w pisanie tego materiału szkoleniowego. Ja go prezentuję, ale naprawdę cała ciężka praca została wykonana przez zespół szkoleniowy w Seqera. W szczególności Geraldine, która włożyła ogromną ilość pracy w przepisanie tego materiału.
Również Marcel, Ken, Adam, John, inni z zespołu rozwoju naukowego i inni w społeczności.
Ankieta zwrotna¶
Teraz, gdy ukończyłeś kurs, chcielibyśmy wiedzieć, co o nim sądzisz. Na training.nextflow.io znajdziesz ankietę zwrotną pod sekcją Hello Nextflow.
Jest tylko cztery pytania, ale jest to dla nas naprawdę ważne. Jeśli nic innego, mówi nam to mniej więcej, ile osób odbywa szkolenie. Mówi nam również, czy Ci się podobało i jeśli masz jakieś sugestie, proszę zostaw je na końcu. Czytamy każde zgłoszenie.
Jeśli zauważysz jakieś błędy, wszystko jest open source na GitHub, więc możesz utworzyć issue lub pull request, lub wysłać nam wiadomość na forum. Chcielibyśmy usłyszeć, co o tym sądzisz i jak moglibyśmy to ulepszyć. Jeszcze raz dziękujemy. Mamy nadzieję wkrótce się zobaczyć.