오리엔테이션 - 비디오 스크립트¶
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중요 참고사항
이 페이지는 스크립트만 보여줍니다. 전체 단계별 지침을 보려면 강좌 자료로 돌아가십시오.
환영합니다¶
안녕하세요, Hello Nextflow에 오신 것을 환영합니다. 제 이름은 Phil Ewels입니다. 저는 Seqera의 오픈 소스 제품 관리자이며, 오늘 이 첫 번째 Nextflow 교육 과정을 안내하게 되어 매우 기쁩니다.
저희는 Nextflow의 기초를 다루며, 파이프라인을 작성하고 실행하고 구성하는 방법을 설명할 것입니다.
그리고 여러분은 간단한 다단계 파이프라인을 직접 구축하게 될 것입니다. 연산자와 채널 팩토리와 같은 용어를 다룰 것이며, 과정이 끝날 때쯤이면 여러분은 자신만의 생물정보학 파이프라인을 구축할 준비가 될 것입니다.
질문이 있으시면 community.seqera.io로 연락해 주십시오. 저희는 매우 활발한 Nextflow 커뮤니티를 운영하고 있으며, 교육 전용 섹션이 있으니 어디에서 막히셨는지 알려주시면 누군가가 도와드릴 수 있을 것입니다.
좋습니다. 시작하겠습니다.
교육 웹사이트¶
Nextflow 강좌의 모든 교육 자료는 training.nextflow.io에 있습니다. 웹 브라우저에서 접속하실 수 있습니다. 지금 열어서 함께 살펴보겠습니다.
저는 버전 2.1.1로 진행할 것입니다. 저희는 여기저기 작은 업데이트와 수정 사항을 푸시하므로 조금 다르더라도 걱정하지 마십시오. 하지만 자료가 너무 많이 변경되었다면 상단의 버전 선택기를 사용하여 제가 설명할 정확한 버전의 자료를 선택하실 수 있습니다.
라이트 모드를 선호하시는 분들은 여기에서 웹사이트의 테마를 변경하실 수 있습니다.
여기에서 번역을 볼 수 있지만, 녹화 당시에는 이 새로운 자료를 다루는 것이 실제로 영어뿐입니다.
또한 GitHub에서 교육 웹사이트와 저희가 작업할 모든 것의 소스 코드를 볼 수 있습니다.
홈페이지에는 저희가 보유한 모든 다양한 교육 자료 강좌가 나열되어 있습니다. 스크롤을 내리면 여기서 진행할 Hello Nextflow 강좌가 포함된 초보자용 Nextflow를 볼 수 있습니다. 유사한 방식으로 작동하는 다른 모든 강좌도 볼 수 있습니다.
환경 설정¶
저는 실제로 상단의 첫 번째 것으로 시작할 것인데, 이것은 모든 교육 강좌에 공통적이며 특히 환경 설정에 관한 것입니다.
클릭하면 이 섹션으로 이동하며, 자신의 노트북에서 자신의 VS Code 복사본과 자신의 소프트웨어 설치를 사용하여 로컬에서 개발하는 방법에 대한 지침을 볼 수 있습니다. 또는 대부분의 사람들이 하기를 기대하는 것은 GitHub Codespaces라는 것을 사용하는 것입니다.
Codespaces는 GitHub에서 제공하는 서비스로, 클라우드에서 웹 서버를 실행하며 여러분이 연결할 수 있습니다. 해당 서버에는 VS Code가 설치되어 있어 웹 브라우저에서 실행할 수 있으며, 원하시면 로컬 VS Code 설치에 연결할 수도 있습니다. 모든 계산, 모든 파일, 모든 편집이 원격으로 발생하므로 필요한 모든 소프트웨어가 사전 설치되어 있고 모두에게 동일합니다.
GitHub Codespace 생성하기¶
필요한 모든 것이 포함된 Codespace를 생성하려면 문서 자료에서 "GitHub Codespaces에서 열기"라고 표시된 버튼을 찾으십시오. 지금 클릭하여 새 탭에서 열겠습니다. 그러면 이 웹페이지가 표시됩니다. 이제 nextflow-io 교육으로 사전 구성되어 있음을 알 수 있습니다.
새 Codespace 생성을 클릭하기만 하면 됩니다. 하지만 실제로는 2개가 아닌 4개의 CPU를 가진 약간 더 큰 머신을 Nextflow 교육에 사용할 것을 권장합니다. 사용할 자료의 버전을 변경할 수 있습니다. 따라서 제가 링크를 따라온 문서 버전이기 때문에 기본값은 2.1.1입니다. 하지만 원한다면 리포지토리의 특정 브랜치로 설정할 수도 있습니다.
이제 Codespace 생성을 클릭하겠습니다. 그러면 환경 설정이 시작됩니다.
Codespace 생성¶
처음 이 작업을 수행할 때는 시간이 꽤 오래 걸리므로 지금이 차 한 잔을 마시기 좋은 시간입니다. 편안하게 앉으시고, 옆에 앉은 사람과 이야기를 나누십시오.
관심이 있으시면 여기 아래의 codespace 빌드를 클릭하여 설정 로그를 볼 수 있습니다. 여기서 필요한 모든 것이 포함된 Docker 이미지를 가져와 환경을 구성하고 있음을 알 수 있습니다.
이제 Codespace를 처음 생성할 때만 이렇게 기다려야 합니다. github.com/codespaces로 이동하면 열려 있는 모든 다양한 Codespace를 볼 수 있습니다. 여기 방금 생성한 것이 있습니다. 다음에 이 작업을 수행할 때 여기로 가서 이전 Codespace를 선택하고 바로 다시 돌아갈 수 있습니다. 기존 환경을 준비하는 것이 훨씬 더 빠른 프로세스입니다. 이렇게 하면 VS Code와 파일에 대한 모든 변경 사항도 유지되므로 나갔다가 다시 돌아와도 진행 상황을 잃지 않습니다.
여기에서 세 개의 점을 클릭하여 다른 작업을 수행할 수 있습니다. 예를 들어, 2개의 CPU로 구성했는데 이제 4개를 원한다면 머신 유형을 변경할 수 있습니다. 또는 처음부터 새로 시작하려면 Codespace를 삭제할 수 있습니다.
VS Code 소개¶
좋습니다, Codespace가 환경 설정을 완료했고 이제 웹 브라우저에서 VS Code가 표시됩니다.
VS Code에 익숙하시다면 매우 친숙하게 느껴질 것입니다. 이전에 사용해 본 적이 없다면 꽤 간단합니다. 알아야 할 페이지의 몇 가지 다른 부분이 있습니다.
왼쪽에는 사이드바가 있습니다. 교육 리포지토리의 GitHub 리포지토리에 있는 모든 다양한 파일로 설정된 탐색기를 볼 수 있습니다.
왼쪽의 이 버튼들은 사이드바에서 다양한 도구가 될 수 있습니다. 프로젝트의 모든 파일을 검색할 수 있습니다. Git, GitHub 등 다양한 작업을 할 수 있습니다.
상단에는 메인 메뉴가 있습니다. 파일 탐색기는 여기에서 가장 많이 사용할 것이며, 이러한 파일 중 하나를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하여 예상하는 일반적인 작업을 수행할 수 있습니다. 잘라내기, 복사와 같은 경고를 클릭해야 할 수도 있으며 로컬 머신으로 다운로드할 수도 있습니다.
Codespace가 로드되면 이 메인 영역에 마크다운 파일의 미리보기가 제공됩니다. 이것은 github.com에서 렌더링되는 것과 동일합니다. 닫을 수 있으며 Readme 파일을 더블 클릭하면 코드 편집기에서 코드로 열리는 것을 볼 수 있습니다. 다른 파일과 마찬가지로 이 코드를 직접 편집할 수 있습니다.
마지막으로 여기 하단에 터미널 창이 있습니다. 빌드 중에 로그를 보고 있었으므로 현재 표시되는 것입니다. 이 플러스 버튼을 눌러 새 터미널 세션을 시작할 수도 있습니다. 이것은 제 머신에서 실행되는 것이 아닙니다. 기억하십시오, 이것은 클라우드에서 실행되고 있으며, tree를 깊이 2로 실행하면 왼쪽에 있던 것과 동일한 모든 파일을 볼 수 있습니다.
"hello-nextflow" 파일만 표시하기¶
이 GitHub 리포지토리에는 저희가 진행하는 것뿐만 아니라 모든 다양한 교육 세트가 포함되어 있습니다. 원한다면 Hello Nextflow 폴더에만 집중할 수 있습니다. 이를 조금 정리하는 한 가지 방법은 메뉴 파일로 이동한 다음 작업 공간에 폴더 추가를 선택하는 것입니다.
클릭하면 training으로 이동하고 Hello Nextflow를 선택한 다음 추가를 클릭합니다. 화면이 새로 고쳐집니다. 그런 다음 탐색기에서 이제 두 개의 다른 작업 공간이 있습니다. 하나는 이전에 교육용으로 사용했던 것이고 다른 하나는 Hello Nextflow만 있는 것입니다.
원한다면 training을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 작업 공간에서 폴더 제거를 클릭하여 사이드바에서 완전히 제거할 수 있습니다.
이제 사이드에 이 특정 교육 과정의 파일만 있습니다. 경고를 숨길 수 있으며 이제 여기 터미널에서도 동일한 작업을 수행하고 디렉토리 변경을 위해 CD를 수행할 수 있습니다. Hello Nextflow. 그리고 다시 사이드바에 있는 것과 동일한 파일이 여기에 있습니다.
Hello Nextflow: 파일¶
Hello Nextflow 강좌의 이 파일들을 살펴보겠습니다.
Nextflow용 .nf 파일이 많이 있으며, 교육 과정의 각 챕터마다 이러한 파일 중 하나가 있습니다. 이 파일들을 작업하고 연습에서 수정할 것입니다.
또한 이 환경에서 Nextflow를 실행하기 위한 기본 구성 설정만 있는 nextflow.config 파일이 있으며, 이 시점에서는 실제로 걱정할 필요가 없습니다. 데이터 처리에 사용할 greetings.csv 파일이 있으며, 이는 이 과정의 다음 부분에서 소개될 것입니다. 그리고 6부에서 사용될 test-params.json 파일이 있으며 지금은 무시할 수 있습니다.
이러한 Nextflow 파일은 각 연습의 시작일 뿐입니다. 완료되었을 때 어떻게 보여야 하는지 보고 싶다면 solutions 디렉토리로 이동하면 교육 과정의 각 부분에 대한 답이 있으므로 목표로 하는 작동하는 버전을 볼 수 있습니다.
터미널 열기¶
어느 시점에서 터미널을 닫았는데 다시 돌아가는 방법을 기억하지 못하더라도 걱정하지 마십시오. 상단 오른쪽의 이 버튼들은 작업 공간에서 다양한 패널을 열고 닫습니다. 따라서 하단 패널용 버튼을 클릭하면 다시 나타납니다. 여기에서 터미널이 선택되어 있는지 확인하십시오. 터미널 오른쪽의 화살표 버튼을 클릭하여 전체 화면으로 만들 수도 있습니다.
텍스트를 읽을 수 있도록 VS Code를 확대했기 때문에 제가 이것을 자주 하는 것을 보실 것입니다. 화면 크기에 따라 이 작업을 수행해야 할 수도 있고 아닐 수도 있습니다. 사이드 패널을 최소화하는 것도 마찬가지입니다.
좋습니다. 환경에 대해서는 충분하다고 생각합니다. 시작할 준비가 된 것 같습니다. 1장을 위해 다음 비디오에서 다시 만나요.