Resumen del curso

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

¡Felicitaciones por completar el curso de entrenamiento Hello Nextflow! 🎉

Vea la lista de reproducción completa en el canal de YouTube de Nextflow.

Puede leer la transcripción del video junto con el video.

Su viaje

Comenzó con un flujo de trabajo muy básico que ejecutaba un comando codificado de forma fija. A lo largo de seis partes, transformó ese flujo de trabajo básico en un pipeline modular de múltiples pasos que ejercita características clave de Nextflow incluyendo canales, operadores, soporte integrado para contenedores y opciones de configuración.

Lo que construyó

• La forma final del flujo de trabajo Hello toma como entrada un archivo CSV que contiene saludos de texto.
• Los cuatro pasos están implementados como procesos de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings y cowpy) almacenados en archivos de módulo separados.
• Los resultados se publican en un directorio llamado results/.
• La salida final del pipeline es un archivo de texto plano que contiene arte ASCII de un personaje diciendo los saludos en mayúsculas.

1. sayHello: Escribe cada saludo en su propio archivo de salida (por ejemplo, "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Convierte cada saludo a mayúsculas (por ejemplo, "HELLO")
3. collectGreetings: Recopila todos los saludos en mayúsculas en un único archivo de lote
4. cowpy: Genera arte ASCII usando la herramienta cowpy

La configuración del flujo de trabajo soporta proporcionar entradas y parámetros de manera flexible y reproducible.

Habilidades adquiridas

A través de este curso práctico, ha aprendido cómo:

• Describir y utilizar componentes principales de Nextflow suficientes para construir un flujo de trabajo simple de múltiples pasos
• Describir conceptos de siguiente nivel como operadores y channel factories
• Iniciar un flujo de trabajo de Nextflow localmente
• Encontrar e interpretar salidas (resultados) y archivos de registro generados por Nextflow
• Solucionar problemas básicos

Ahora está equipado con el conocimiento fundamental para comenzar a desarrollar sus propios pipelines en Nextflow.

Próximos pasos para desarrollar sus habilidades

Aquí están nuestras 3 principales sugerencias sobre qué hacer a continuación:

• Aplicar Nextflow a un caso de uso de análisis científico con Nextflow para Ciencia
• Comenzar con nf-core con Hello nf-core
• Explorar características más avanzadas de Nextflow con los Side Quests

Finalmente, le recomendamos que eche un vistazo a Seqera Platform, una plataforma basada en la nube desarrollada por los creadores de Nextflow que hace aún más fácil iniciar y gestionar sus flujos de trabajo, así como gestionar sus datos y ejecutar análisis interactivamente en cualquier entorno.

Encuesta de retroalimentación

Antes de continuar, ¡por favor tome un minuto para completar la encuesta del curso! Su retroalimentación nos ayuda a mejorar nuestros materiales de entrenamiento para todos.

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