Nächste Schritte - Transkript

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Wichtige Hinweise

Diese Seite zeigt nur das Transkript. Für vollständige Schritt-für-Schritt-Anleitungen kehre zum Kursmaterial zurück.

Willkommen

Herzlichen Glückwunsch, du hast es geschafft. Du hast den ersten Nextflow-Trainingskurs namens Hello Nextflow abgeschlossen.

Gut gemacht. Vielen Dank, dass du durchgehalten hast, und wir schätzen die Zeit und Mühe, die du in das Erlernen von Nextflow investiert hast, sehr. Wir hoffen wirklich, dass es für deine Arbeit nützlich sein wird.

Nächste Schritte

Für die nächsten Schritte halte Ausschau nach dem Trainingsportal: training.nextflow.io. Wir stellen dort ständig neues Kursmaterial bereit und aktualisieren es auch. Du kannst dort möglicherweise fortgeschrittenere Trainings oder Trainings finden, die spezifisch für ein Forschungsfeld sind, das dich interessiert.

Schau dir insbesondere die Nextflow for Science-Seite an. Diese bietet eine Reihe kurzer Kurse, die eigenständig sind und das, was du in Hello Nextflow gelernt hast, auf spezifische Anwendungsfälle erweitern.

Es gibt einen für Genomik und auch einen für RNA-seq. Wir hoffen, bald weitere anbieten zu können.

Side Quests

Es gibt viele Dinge, über die wir in Hello Nextflow hätten sprechen können, die aber zu detailliert gewesen wären. Einige dieser Dinge stellen wir in Side Quests ein, die kurze Kurse zu spezifischen Themen sind.

Es gibt auch die größeren Fundamentals Training- und Advanced Training-Kurse, die möglicherweise Inhalte enthalten, die dich interessieren.

nf-core

Es wurde einmal oder zweimal in diesem Kurs erwähnt, aber schau dir definitiv das nf-core-Projekt an. Es gibt dort über hundert Pipelines für verschiedene Arten von Daten, also ist es durchaus möglich, dass du möglicherweise keine eigene Pipeline erstellen musst.

Es gibt auch fast eineinhalbtausend Process-Module, bei denen du, wenn du die nf-core-Developer-Tooling verwendest, eine Pipeline erstellen und diese Module in Sekundenschnelle importieren kannst.

Seqera Platform

Zuletzt noch ein kurzer Hinweis auf Seqera Platform. Dies ist ohne Zweifel der beste Weg, Nextflow in der Praxis auszuführen. Es ist eine cloudbasierte Plattform, aber du verbindest deine eigene Compute-Infrastruktur, sei es dein eigenes Cloud-Konto auf AWS, Google Batch oder Azure, oder sogar dein eigenes HPC. Der kostenlose Tarif steht jedem zur Verfügung, und wenn du im akademischen Bereich tätig bist, kannst du dich für unser Academic Program für kostenlosen Zugang auf Pro-Level bewerben.

Seqera Platform geht über eine grafische Oberfläche zum Starten und Überwachen von Workflows hinaus. Es gibt auch zusätzliche Tools wie Data Studios zum Ausführen interaktiver Sessions und grundlegende Tools wie Fusion, das schnelleren und günstigeren Zugriff auf Daten über die Cloud ermöglicht.

Support und Veranstaltungen

Denke daran, wenn du jemals auf Probleme stößt, geh einfach zu community.seqera.io. Unser Forum dort ist sehr aktiv, die Nextflow-Community ist super stark und es stehen fast immer Leute bereit, um zu helfen, sei es für Training oder alles, was mit deiner täglichen Nutzung von Nextflow zu tun hat.

Und natürlich ist ein großartiger nächster Schritt, an einer unserer Community-Veranstaltungen teilzunehmen, sei es ein nf-core-Hackathon oder eines der Nextflow Summit-Events. Sie machen großen Spaß, und es wäre wirklich schön, dich dort zu treffen und darüber zu sprechen, wofür du Nextflow verwendest.

Danksagungen

Ich möchte allen, die an der Erstellung dieses Trainingsmaterials beteiligt waren, ein riesiges Dankeschön aussprechen. Ich habe es präsentiert, aber wirklich die ganze harte Arbeit wurde vom Training-Team bei Seqera geleistet. Insbesondere Geraldine, die enorm viel Arbeit in die Neugestaltung dieses Materials gesteckt hat.

Auch Marcel, Ken, Adam, John, andere aus dem Scientific Development Team und andere in der Community.

Feedback-Umfrage

Jetzt, da du den Kurs abgeschlossen hast, würden wir gerne wissen, was du davon hältst. Auf training.nextflow.io findest du eine Feedback-Umfrage unter dem Hello Nextflow-Abschnitt.

Es gibt nur vier Fragen, aber es ist wirklich wichtig für uns. Wenn nichts anderes, zeigt es uns ungefähr, wie viele Leute das Training machen. Es sagt uns auch, ob es dir gefallen hat, und wenn du Vorschläge hast, lass sie bitte am Ende da. Wir lesen jede einzelne Einreichung.

Wenn du Fehler bemerkst, ist alles Open Source auf GitHub, sodass du ein Issue erstellen oder einen Pull Request machen oder uns eine Nachricht im Forum senden kannst. Wir würden gerne hören, was du davon gehalten hast und wie wir es verbessern könnten. Nochmals vielen Dank. Wir hoffen, dich bald zu sehen.